De 2012 a la fecha, sólo ha habido un caso de auditorías a nivel estatal que ha merecido un pronunciamiento de la Secretaría de la Función Pública (SFP por cierto, acéfala durante toda la presente administración): La Línea 12 de Metro. En marzo de 2014, la Secretaría solicitó públicamente al Gobierno del Distrito Federal la devolución de recursos del Fondo Metropolitano por cerca de 489 millones de pesos.
El argumento de la SFP fue que no se formalizó mediante contratos la utilización de esos recursos, sino que fueron aplicados mediante la modalidad de convenios de reconocimiento de obras inducidas de la Línea 12. Es decir, que al no haber hecho las contrataciones directas, el GDF no se apegó al Acuerdo por el que se emiten las Reglas de Operación del Fondo Metropolitano (2011), según la Secretaría.
Naturalmente, el razonamiento de la SFP es debatible, pues la aplicación de los recursos tuvo que ser aprobada no sólo por GDF sino por el Consejo para el Desarrollo Metropolitano del Valle de México, en el que participan también, entre otros, el Gobierno Federal, y de los estados de México e Hidalgo. Tan es así, que el Gobierno local posteriormente consiguió una suspensión provisional de la solicitud de pago otorgada por el Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa. No obstante, Julián Alfonso Olivas, encargado del despacho de la Secretaría, expresó en el mensaje en que presentó la solicitud de devolución de los recursos que “no fue posible solventar 489 millones de pesos”, lo cual es –por decir lo menos– impreciso.
Poco después, en abril de 2014, el director del Sistema de Transporte Colectivo Metro acudió a una reunión de trabajo con la Comisión del Distrito Federal de la Cámara de Diputados, en la que fustigó la construcción de la Línea 12. Antes de la reunión, el funcionario capitalino sostuvo una reunión a puerta cerrada con el coordinador de los diputados priístas, Manlio Fabio Beltrones Rivera, quien incluso lo acompañó codo a codo al salón Cristales del recinto de San Lázaro (gesto poco común para la comparecencia de un funcionario menor). La revista Proceso dio cuenta sobre ese extraño acompañamiento en una nota titulada "Cobija PRI a Joel Ortega ante diputados en caso de Línea 12".
Posteriormente, la Cámara de Diputados decidió crear una Comisión Especial “para dar seguimiento a los recursos federales que se destinen o se hayan destinado a la Línea 12 del Metro” y otra más para investigar el caso Oceanografía. La comisión federal para investigar el caso de la Línea 12 acabaría en manos de Marco Antonio Calzada Arroyo, priísta mexiquense cercanísimo a Enrique Peña Nieto (durante su gestión como gobernador, Calzada Arroyo fue presidente del PRI en el Estado de México y luego presidente municipal de Tultitlán).
A poco más de ocho meses de la creación de las comisiones para investigar los casos de Oceanografía y de la Línea 12, la primera de ellas (en manos del perredista Luis Espinoza Cházaro) no tiene ningún resultado. Sin embargo, justo en periodo de precampañas y en el peor momento de la crisis de credibilidad por la que atraviesa el Gobierno Federal, Calzada Arroyo se lanzó a decir que la “la Línea 12 fue un fracaso, un fraude”. Con esta declaración, anunció la presentación de un informe que apunta directamente en contra de la administración anterior del Gobierno del Distrito Federal, a cuyos funcionarios no se les garantizó ni siquiera el derecho constitucional de audiencia.
El informe de la comisión que preside el peñanietista Calzada Arroyo –que si bien no ha sido dado a conocer oficialmente, ha sido filtrado íntegramente a medios– se sustenta en un somerísimo diagnóstico de tan sólo cuatro páginas sobre uno de los proyectos de transporte más grandes de las últimas décadas.
Además, extrañamente, el documento toma en cuenta los dos primeros informes hechos por la empresa Systra –contratada por el GDF– pero no así el tercero y último, en el que se descartaron riesgos de descarrilamiento en la operación de los trenes. Sus 93 páginas no aportan mayores elementos, sino que son únicamente una recopilación de notas de prensa, comunicaciones y aspectos cuidadosamente seleccionados de los dichos en las reuniones de trabajo de la comisión; un documento meramente político, última pieza del rompecabezas de la Línea 12 que el PRI ha ido armando en la Ciudad de México.