Batis nació en Guadalajara, Jalisco, el 29 de diciembre de 1934. A finales de la década de 1950 entró a trabajar a la Imprenta Universitaria de la UNAM. Inició su carrera periodística en 1960 con la publicación Cuadernos del Viento, que codirigió hasta 1967 con el escritor Carlos Valdés y como miembro de la redacción de la Revista Mexicana de Literatura (1960-1965) bajo la dirección de Juan García Ponce.
Desde 1967, y por cerca de dieciocho meses, trabajó al lado de José de la Colina en El Heraldo Cultural, dirigido por Luis Spota. De 1964 a 1970 dirigió la Revista de Bellas Artes.
Cabe señalar que, Agustín Huberto Bátiz Martínez dirigió entre 1984 y el año 2000 el suplemento cultural sábado, del periódico unomásuno.
Al interior de uno de los diarios más importantes de México, El Universal, impulsó la carrera de varios de varios escritores, como Enrique Serna, Alberto Ruy Sánchez, Adolfo Castañón, Guillermo Sheridan, Pura López Colomé y Malva Flores, entre otros.
Durante 57 años, hasta el año 2015, Huberto Batis dio clases en la carrera de Letras y Literatura Hispánicas en la Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM.
También fue profesor de la Universidad Iberoamericana. Alumno de escritores como Agustín Yáñez, Alfonso Reyes, Enrique Alatorre, Julio Torri y María del Carmen Millán, en 2001 recibió el Premio de Periodismo Cultural Fernando Benítez que entrega la Feria Internacional del Libro de Guadalajara.
A Huberto Batis se le considera miembro de la llamada Generación de Medio Siglo, junto con Inés Arredondo, Juan García Ponce, Juan Vicente Melo, Juan José Gurrola y Tomás Segovia, entre otros. Fue autor de los libros Estética de lo obsceno (1983), Lo que Cuadernos del Viento nos dejó (1984) y Por sus comas los conoceréis (2001), entre otros.Desde noviembre de 2015 hasta abril de 2018 publicó la columna “Memorias de un editor” en el suplemento cultural Confabulario, de El Universal.